环氧乙烷灭菌控制系统操作步骤如下：

保持灭菌室内清洁干净。

检查加药、加湿、排水、通气、加水、抽真空管路连接是否牢固。

检查真空泵进水管是否连接，如果没有连接，真空泵会停止运行并发出报警。

检查空压机开关是否开启，空压机手动阀门是否开启，检查气路是否有漏气现象，气压是否充足。

打开电源，将待灭菌物品装入灭菌室，放入生物指示剂，灭菌物品装至灭菌室百分之80的空间为佳，然后将灭菌室门关好。

检查加药阀是否关紧，然后打开水源，检查管路是否有漏水现象。

确认无任何问题后点击确认灭菌参，确认无误后启动灭菌周期。